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• Sequencher 是 DNA 序列分析的工業標準軟件。它可以和所有的自動序列分析儀一同工作，并且因為它的極速 Contig 組裝、很短的學習曲線、用戶友好的編輯工具，以及卓越的技術支持而眾所周知。從差不多15年前釋出第一個版本到現在，Sequencher 在每個基因專業和制藥公司中都應用于序列分析任務，同時在全球超過40個國家里為數眾多的學術和政府實驗室中使用。Sequencher 被生命科學研究者們使用于許多不同的 DNA 序列分析應用方面，包括基因重組、突變檢測、法醫的人體辨別，以及分類學等等...
• Sequencher 的能力包括雜合子和 SNP 的檢測和分析，從DNA 到 染色體 DNA 的大型間隙對準，比較排序，對置信評分的支持、ORF 轉換、基因銀行特性化導入、以及限制酶映射等等。Sequencher新版本為5.4.6。
  
• 所有DNA序列分析的新功能和增強功能：
• Sanger：
• 從Primer-BLAST發送引物對序列，在Sequencher Connections中運行到Sequencher項目
• 輕松使用項目窗口中的共有序列作為混合測序項目的NGS對比的參考序列
• New Batch Revert Trim Ends命令
• 能夠在項目窗口中調整字體大小
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• NGS：
• 更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程
• 構建可重復用于與全基因組對比的GSNAP數據庫和BWA索引
• 使用FastQC報告查看和保存NGS原始數據文件的質量得分和元數據
• 生成變體調用文件（VCF）以使用SAMtools標記NGS對齊中的變體
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• RNA-Seq：
• 擴展袖和套裝，加入Cuffquant和Cuffnorm
• Cuffdiff和Cuffnorm的獨特條件和重復編輯器
• 增強的RNA-Seq可視化，具有自定義排序和過濾選項
• 使用增強的外部數據瀏覽器輕松管理所有DNA-Seq和RNA-Seq項目
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• Sequencher 產品特性：
• SNP 檢測 (SNP Detection)
• 序列裝配 (Sequence Assembly)
• 序列編輯 (Sequence Editing)
• 自動分析 (Automated Analysis)
• 矢量微調 (Vector Trimming)
• SNP 檢測
• 使用 Sequencher 來進行比較對準以便鑒別和報告 SNP 以及突變。
• 例如，調用第二峰，功能分析你的所有序列以尋找潛在的雜合子。你可以控制定義一個雜合子的嚴格度。
• 在裝配總攬中表示出所有雜合子的位置
• 你可以從一個雜合子跳到下一個，而僅僅需要在 Base View 里面按一下空格鍵。你還可以觀察一致及其參考序列的轉換。
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  一致及其參考序列的區別會列在一個可導出的表格內。參考序列確保從一個裝配到下一個裝配時，SNP 的數目保持一致。
• 序列裝配
• Sequencher 的裝配算法可以將你的 DNA 片斷快速而又準確的裝配起來。自覺的工具允許你在數秒內就可以設置好參數并且調整它們。
• 你完全可以不顧方向的裝配序列。Sequencher 會比較前端和反轉補體方向來裝配極可能的 Contig。
• 將 Sequencher 的多功能裝配工具應用到：
• 確定矢量構造
• 裝配病毒和細菌基因組
• 從 DNA 庫中聚類數以萬計的序列
• 將基因變體和一個參考序列做對比
• 創建一個引物地圖
• 將 DNA 裝配成基因組序列
• 以及其他許多項目...
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• 下一代DNA測序（NGS）
• Sequencher通過將新的同行評審的NGS算法從命令行中帶入直觀的點擊界面，為臺式科學家提供支持。無論是執行參考引導的比對，從頭組裝，變體調用還是SNP分析，Sequencher都擁有獲得結果所需的工具。Sequencher集成了全面的Cufflinks套件，用于深入轉錄分析和RNA-Seq數據的差異基因表達。Sequencher可以使用自定義圖表和圖表輕松生成RNA-Seq數據的獨特可視化，從而在幾秒鐘內為您提供可用于發布的圖形。
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• Sanger DNA分析
• Sequencher廣泛的Sanger分析功能是它構建的基礎。從頭到尾可定制，沒有其他程序可以為您提供與Sequencher相同的功能。憑借易于使用的界面已經磨煉超過25年，第一次用戶將在幾分鐘內感覺像專業人士。修剪讀取，自定義裝配和對齊算法，變化表，摘要報告，注釋等所有內容。
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• 序列編輯
• Sequencher 能夠給你足夠的信心認為一個序列是絕對正確的。你可以只觀察一個序列的色譜圖，你也可以從前端或反方向同時查看多個對齊的色譜圖。 在你的已對齊數據中滾動是很容易的。你可以使用 Sequencher 的選擇工具來高亮不一致或者低質量的區域。
• 自動分析
• Sequencher 可對你的數據進行批處理，這個過程是透明、用戶可定義、可恢復的，并且 Sequencher 從不為了自動化的目的而破壞你科學結論的正確性。
  當你工作在多個序列時，Sequencher 可以：
  
• 調用第二峰
• 調整矢量
• 調整低質量的尾端
• 創建一致序列
• 恢復到實驗數據
• Sequencher 總是管理兩份數據，一份編輯過的，一份則是原始的導入數據。當你應用“Revert to Experimental Data”命令到在你項目中已選定的序列或者在一序列中的選中部分時，你可以撤銷所有或者部分編輯動作。
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• 自從 4.5 以后，Sequencher 就包含了一個新的自動化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以選擇片段名的一部分作為一個共享的標識符，或者說是“裝配句柄”。Sequencher 就可以將選擇和名字自動轉換為 Contig。例如，僅僅通過一個按鈕的點擊，你就可以將 90 個文件，45對前端和反向序列轉換成 45 個根據你的病人編號命名的 Contig。裝配參數的每個變化都會重組你的片段，因此你可以根據克隆編號、日期、引物，或者其他任何你記錄在序列名稱中的特征，來裝配 Contig。
• 如果你做了許多排序，你會感激“Assemble by Name”，尤其是在你有許多個帶有一個標準引物集的樣本序列時。事實上，任何在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些應用包括：
• 用于身份鑒定和人口研究的 MHC 和線粒體基因排序。
• 候選基因的 PCR 產品的分析。
• 對保存的跨系統分類物種基因的排序。
• 通過跟蹤病毒對抗病毒劑或疫苗的抗藥性，對病毒序列進行監控。
• 即使在項目中只有一個 Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因為它確保 Contig 的名稱可以精確的表述樣本的名稱。如果你有命名為“Bob”的樣本，那么正確命名你的 Contig 并不是什么難事，但你有象“Bob-2309888762-4321”這樣更復雜的名字時，允許 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。
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• 矢量調整
• 自動排序器以基礎調用錯誤生成結果。從 DNA 庫克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾，或其他不相關序列。內含子和引物序列通常會和放大的外顯子序列側面相連。不調整的話，這些污染物會扭曲你的裝配和下游分析。 Sequencher 允許你調整低質量或者含糊的數據。“Trim Ends”將令人誤解的數據從序列片段的尾部去除。“Trim Vector”將污染序列尾部的特定序列數據移除。“Trim to Reference”剔除超出裝配參考序列的序列尾部。
• 在執行一個調整之前，Sequencher 會顯示一個計劃調整的圖形描述，這個功能甚至允許你重新定義你的條件。
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• 系統要求：
• Macintosh低要求：
• 10.7甚至更高
• RMA 3GB（使用NGS數據需要更多RAM，建議至少16GB。打印數據集可能需要額外的RAM。）
• 用于Sanger DNA分析的355MB硬盤空間和用于NGS-Seq分析的額外320MB硬盤空間
• Windows低要求：
• RAM 3GB（使用NGS數據需要更多RAM，建議至少16GB。大型數據集可能需要額外的RAM。）
• 用于Sanger DNA分析的280MB硬盤空間和用于NGS-Seq分析的額外580MB硬盤空間